Pendidikan Tinggi Farmasi Universitas Airlangga berdiri pada tanggal 17 Agustus 1963 berdasarkan SK Menteri Pendidikan dan ilmu Pengetahuan No. 96 Tahun 1963 tertanggal 15 Agustus 1963 dan berubah menjadi Fakultas Farmasi pada tahun 1965. Saat ini program studi di Fakultas Farmasi Universitas Airlangga (FFUA) berjumlah enam; yaitu Program Studi Pendidikan Apoteker jenjang Sarjana dan jenjang Profesi, S2 Ilmu Farmasi, S2 Farmasi Klinis, Spesialis Farmasi, dan S3 Ilmu Farmasi.
Berdasarkan SK Rektor no. 9936/JO3/HK/2007, 22 Oktober 2007 FFUA ditetapkan terdiri dari 5 Departemen, yaitu Kimia Farmasi, Farmakognosi dan Fitokimia, Farmasetika, Farmasi Komunitas dan Farmasi Klinik, sebagai unit struktural pengembangan keilmuan, pembinaan sumber daya manusia dan manajemen portfolio kinerja fakultas. Mulai tahun 2008, departemen lebih diberdayakan fungsinya dalam bidang perencanaan dan implemetasi program tahunan baik bersifat pendidikan/pengajaran yang bersifat rutin maupun program pengembangannya sesuai naskah organisasi yang disusun mengikuti dinamika perubahan UA-PTN-BH. Departemen juga dituntut menunjukkan kapasitas dalam pengembangan keilmuan melalui penelitian-penelitian yang unggul dan memberikan kemanfaatan bagi kemanusiaan. Selain itu, Departemen harus mampu merancang anggaran berbasis program pengembangan sesuai ketentuan dan persyaratan yang berlaku dalam kaitan pengembangan sarana, sumber daya dan proyeksi pengembangan yang berkesinambungan.
Pada tahun 2013, Fakultas Farmasi mengalami perubahan nomenklatur (SK Rektor No 9626/UN3/KR/2013) menjadi Program Pendidikan Apoteker yang merupakan satu kesatuan antara Pendidikan Sarjana dan Profesi Apoteker.
